Schon im Frühmittelalter hatten durch die Zweiheit von Kloster- und Pfarrkirche zwei Kirchen nebeneinander gestanden. Die Obere Kirche, die ehemalige Pfarrkirche Sankt Maria, findet 1294 erstmals Erwähnung und wurde 1517 wegen Baufälligkeit neu gebaut. Sie diente seit der Reformation als paritätische Kirche für beide Konfessionen. Nach der Aufhebung des Stiftes 1876 übernahm die Pfarrei die Stiftskirche und überliess die Marienkirche profanen Zwecken. 1944 wurde jedoch
ihr Inneres restauriert und für kulturelle Veranstaltungen eingerichtet.
Heute befindet sich zudem die Permanent-Ausstellung des Künstlers Pieter van de Cuylen in ihrem Innern.